در سال ۱۶۳۵، ۳۵ سال پس از نبرد سکیگahara، ژاپن به نظر صلح‌آمیز می‌رسد. اما موجودی هیولایی به نام 'گان-کیو' که انسان‌ها را می‌بلعد، این آرامش را مختل می‌کند. شوگون‌سالاری روستاهایی را که گان-کیو در آن‌ها ظاهر می‌شود، می‌سوزاند تا حقیقت را پنهان کند. اورین، یک نینجای سابق که به آرامی با دختر ناتنی‌اش زندگی می‌کند، پس از برخورد با گان-کیو در جستجوی دارو، دوباره به میدان نبرد کشیده می‌شود. در همین حال، شیرو، یک گان-کیو که آگاهی انسانی را حفظ کرده، به دنبال کشف ریشه‌هایش و راز این موجود می‌رود.